В Wolfenstein 3D игрок управляет солдатом, пытающимся бежать из одноимённой нацистской крепости; ему противостоит множество вооружённых охранников и сторожевых собак. Здание наполнено потайными комнатами, где хранятся разного рода драгоценности, пищевые продукты и медицинские аптечки, а также различное оружие и боеприпасы. Игрок двигается по уровням игры, в конце каждого сюжетного эпизода предстоит схватка с «финальным боссом» — особенно сильным противником, для победы над которым требуется немало усилий со стороны игрока. Для прохождения эпизода достаточно завершить только 9 из 10 уровней. Где-то в восьми первых миссиях каждого эпизода находятся замаскированные выходы на секретный 10-й уровень. Такой уровень в третьем эпизоде прославился тем, что представлял собой одну из вариаций известной игры Pac-Man с той лишь разницей, что на привидений игрок смотрел с точки зрения Пакмана.

Первоначальная концепция Wolfenstein 3D предусматривала массу тактических возможностей, почерпнутых из оригинальной игры, включая перенос тел, переодевание во вражескую форму, бесшумное уничтожение противников ловким ударом в спину и другие атрибуты современных стелс-игр. Несмотря на то, что все вышеперечисленные возможности были реализованы программистами id Software, от них отказались, поскольку они затягивали геймплей и делали управление игрой невыносимо сложным.

Вопреки распространённому мнению, Wolfenstein 3D не является первым шутером от первого лица в истории компьютерных игр. До него был выпущены Hovertank (май 1991 года) Catacomb 3-D (октябрь 1991 года) компании Softdisk, в которой ранее работали основатели id Software. Более того, Wolfenstein позаимствовал ряд идей из этих игр, включая, например, изображение лица главного героя в статусной строке.

Wolfenstein 3D была выпущена как shareware, в связи с чем игра разошлась по миру огромным количеством копий. Бесплатная версия игры содержала только один эпизод («Escape from Wolfenstein»), состоявший из 10 уровней (этажей). Коммерческий выпуск игры насчитывал три эпизода, включая первый (новыми эпизодами были «Operation: Eisenfaust» и «Die, Führer, Die»), а также набор дополнительных эпизодов «The Nocturnal Missions» (содержащий «A Dark Secret», «Trail of the Madman» и «Confrontation»). Таким образом, общее количество уровней Wolfenstein 3D составляло 60, по десять уровней в каждом эпизоде.
Игра была выпущена на PC и затем портирована на компьютеры Macintosh Apple IIgs, Acorn Archimedes и RiscPC, а также на видеоприставки Super NES, Atari Jaguar, Game Boy Advance и 3DO. Исходный код был опубликован id Software в 1995, что положило начало традиции раскрывать исходный код движка каждой старой игры вскоре после выхода нового проекта (исключением стал только Doom II, который изначально был выпущен на правах GNU GPL). Позднее игра была адаптирована для Linux. В 1992 году Wolfenstein 3D вышел приквел (предыстория) Spear of Destiny.
В процессе работы над Wolfenstein 3D сотрудники id Software придумали немало названий для своего 3D-шутера. Среди них: Castle Ochtenstein, Luger’s Run, The Fourth Reich, Adolph’s Bane, Hard Cell, Luger Me Now, Tank You Very Much, Castle Hasselhoff, How Do You Duseldorf?, Castle Verlassen, Sturmwind, Hollehammer, Schattensendener, Geruchschlect, Dolchteufel, Grabgrabbener, Eisenschwert и Dammerung. В конечном итоге компания приобрела права на торговую марку у создателя аркады Castle Wolfenstein.

Первые три эпизода повествуют о попытке Уильяма «B.J.» Блазковича бежать из замка Вольфенштайн и свергнуть нацистский режим.
Вооружённый поначалу лишь ножом и пистолетом (отобранных в борьбе у охранника его камеры) B.J. стремится бежать из замка. Убивая офицеров «СС», он получает автомат, а затем и ручной пулемёт, сталкиваясь в конечном итоге с последним стражем — Хансом Гроссом (Hans Grosse, «Большой Ганс»).
Уничтожив Гросса и покинув замок Wolfenstein, B.J. приступает к выполнению операции «Железный кулак» («Operation: Eisenfaust»). С самого начала становится ясно, что действие происходит не в тюрьме: стены покрыты мульчей, главными врагами Блазковица становятся серокожие мутанты с автоматом, имплантированным в грудную клетку. Операцией «Железный кулак», по-видимому, также назывался проект по выращиванию таких мутантов; босс эпизода, доктор Шаббс (Dr Schabbs), бросает в игрока шприцы. Его смерть знаменует собой конец биологической войны. На восьмом уровне в секретной комнате спрятан один Ханс Гросс и надпись «Apogee» (на самом деле в секретном лабиринте скрывается ещё один Ханс Гросс — итого их два на 8 уровне второго эпизода).
«Die, Fuhrer, Die!» — это хронологически последний эпизод. Пробившись сквозь ряды нацистских солдат и атаковав бункер, расположенный под Рейхстагом, игрок имеет удовольствие сразиться с финальным боссом, в роли которого выступает Адольф Гитлер, закованный в огромные механические доспехи.
«The Nocturnal Missions» представляют собой приквел, повествующий о разработке нацистами химического оружия.
В эпизоде «A Dark Secret» игрок охотится за учёным, непосредственно разрабатывавшим это оружие; задача B.J. состоит в том, чтобы проникнуть в исследовательские лаборатории и уничтожить доктора Отто Гифтмахера (Dr. Otto Giftmacher, в переводе с немецкого «Изготовитель яда»), который пытается уничтожить B.J. из ручной ракетницы. На секретном уровне Вас ожидают офицеры-невидимки.
«Trail of the Madman» — это эпизод, отличающийся самыми изысканными интерьерами. Игрок должен выкрасть планы химической войны (нем. Giftkrieg), которые охраняет Гретель Гросс (Gretel Grosse), сестра Ханса. Она выглядит примерно так же, как брат, только одета в розовое, а не синее. Повсюду развешаны портреты Гитлера (в том числе мозаичные), символизирующие вершину его могущества. Все этажи богато и роскошно украшены.
История заканчивается эпизодом «Confrontation», который подводит итог всему, с чем сталкивался игрок на протяжении всей игры. Здесь есть мутанты, Pac-Man и ещё три Гросса, идентичных Хансу (все на секретном уровне). Финальный бой происходит между B.J. и идеологом химической войны, её руководителем и просто «плохим дядей» генералом Феттгезихтом (General Fettgesicht, в переводе с немецкого «Жирномордый»).
Следует отметить, что, несмотря на сюжет, игра, даже если отбросить научно-фантастическую часть, не имеет никакого отношения к реальным нацистским планам и сооружениям. Дизайн интерьера игрового мира полностью вымышлен. По крайней мере три уровня имеют планировку в виде свастики (E1M4; E2M5; E6M3), в том числе один уровень представляет собой несколько свастик, вложенных друг в друга (E6M3), и на одном из уровней третьего эпизода оставили свои инициалы Джон Ромеро и Том Холл (E3M7). Тем не менее сюжет игры опирается на реальные, тщательно спланированные, побеги захваченных в плен солдат антифашистской коалиции из подобных тюремных казематов, как, например, замок Колдиц. Также нелишне вспомнить побег знаменитого писателя Станислава Ежи Леца, который в своё время, подобно нашему герою, зарубил лопатой эсэсовца, забрал его оружие и форму и совершил побег.

Визуализация стен в «полу-3D» производилась с помощью рэй-кастинга (англ. ray casting), специального вида рэй-трэйсинга (англ. ray tracing). Этот метод заключается в отслеживании хода луча, который выходит из точки наблюдения и проходит через каждый столбец пикселов на экране; программа проверяет, не пересек ли луч стену, и в соответствии с этим производит наложение текстур. Далее создается одномерный буфер, в котором располагаются масштабированные спрайты, которые изображают врагов, бонусы и предметы.
До Wolfenstein 3D, эта технология уже использовалась id Software в 1991 для создания Hovertank 3D и Catacomb 3D для Softdisk, но с использованием VGA графики. Список игр, которые использовали игровой движок Wolfenstein 3D или его модификации, включает такие игры, как Blake Stone, Corridor 7, Operation Body Count, Super Noah's Ark 3D, Rise of the Triad, Shadowcaster и Hellraiser.
Согласно словам Джона Кармака, главного программиста id Software, игровой движок был создан под вдохновением от технологической демоверсии компьютерной ролевой игры от первого лица Origin/Looking Glass Studios — Ultima Underworld: The Stygian Abyss в 1991. Кармак утверждал, что сможет создать более быстрый визуализатор, в чём и преуспел. Движок Wolfenstein 3D несколько слабее такового в Underworld (в нём отсутствуют наклонные поверхности и освещение), однако Wolfenstein 3D требует и меньше аппаратных ресурсов.
Wolfenstein 3D — первая игра, использующая ExMx (иначе, «ExLx») — единый способ наименования уровней. Первый x обозначает номер эпизода, второй — номер карты или уровня. Например, «E1M4» — это четвёртый уровень первого эпизода.

Противники

Обычные противники

В Wolfenstein 3D существует пять видов обычных противников. Большинство из них представляет опасность только в значительном количестве.

* Немецкая овчарка - самый слабый враг в игре. При виде игрока начинает лаять и пытаться подбежать к игроку, чтобы укусить его.
* Обыкновенный солдат - носит коричневую форму. Вооружён пистолетом.
* Солдат СС - носит синюю форму. Вооружен MP-40.
* Мутант - быстрый, похожий на зомби, человек с двумя ножами в руках и вмонтированным в грудную клетку автоматом.
* Офицер - носит белую форму.

«Боссы»

В конце каждого эпизода игрок, в лучших традициях аркады, встречает «босса». В отличие от обычных врагов, «боссы» нарисованы только с одной проекции вместо восьми, поэтому игрок не может подкрасться к «боссу» сзади. «Боссы» также глухи и не замечают игрока пока тот не будет им виден. "Боссы из Е1, Е5 выбрасывают золотые ключи, открывающие двери, ведущие к выходу с уровня.

* Ханс Гросс (буквально Большой Ганс)
* Доктор Шаббс
* Адольф Гитлер
* Отто Гифтмахер (буквально Отто Изготовитель Яда)
* Гретель Гросс (буквально Большая Гретель)
* Генерал Феттгезихт (буквально Генерал Жирномордый)
* Призраки Гитлера — летающие фигуры в балахонах, охраняют уровень с фюрером.
* «Пасхальные» боссы-привидения из Pac Man: Блинки, Пинки, Инки и Клайд.

В Wolfenstein 3D по сравнению с современными играми сравнительно небольшой выбор стрелкового оружия. В игре присутствуют:

* Нож — последняя надежда героя, малоэффективное, но бесшумное оружие ближнего боя. Бесшумность его, впрочем, проявляется только при ударе по воздуху, так как стон раненного им солдата рассматривается «движком» как активирующий звук (впоследствии, в Return to Castle Wolfenstein, за счёт отказа от этого эффекта появились элементы поджанра стелс, на которых основывается целый эпизод игры).
* Пистолет Люгера, более известный как «Парабеллум» — первое оружие, которое позволяет чувствовать себя уверенно. Пистолет имеет низкий темп стрельбы, однако он очень эффективен против немецких солдат. Но не стоит забывать, что он не столь эффективен против боссов.
* Автомат МР-40. Первое оружие, с которым, хотя бы с трудом, но можно одолеть боссов. В оригинальной игре такая потребность нигде не возникает — боссовые уровни имеют секреты с пулеметами.
* Ручной шестиствольный пулемёт, аналога в реальности не имевший (если не считать безуспешных попыток General Electric приспособить XM214 для пехоты, не вышедших за пределы лабораторий). Тот факт, что в игре, в отличие от многих других шутеров, пистолет и автомат используют одинаковые патроны, имеет реальное объяснение: люгер-парабеллум и МР-40 действительно использовали один тип патронов — 9×19 мм Парабеллум. Это связанно с тем, что МР-40 относится не к штурмовым винтовкам (как классические автоматы наподобие Калашникова и M-16), а к пистолет-пулемётам (как и современный MP5). Использование тех же самых патронов и для пулемёта объясняется в игре Return to Castle Wolfenstein, где в одной из секреток спрятан секретный документ к 7-миллиметровому 6-ствольному пулемёту Venom, в котором, помимо описания ТТХ Venom’а, содержится упоминание прототипа, использующего маломощные патроны, что явно подразумевает пулемёт из Wolfenstein 3D.

На секретных уровнях третьего и шестого эпизода (E3M10 и E6M10) присутствуют монстры-«привидения» из игры Pac-Man. В шестом эпизоде монстр спрятан в общей обстановке, не выдающей его присутствия заранее, что заставило в своё время не одного игрока вскрикнуть от неожиданности.
На уровнях E3M1 и E6M1 можно услышать морзянку, передающую следующее сообщение:

TO: BIG BAD WOLF
DE: LITTLE RED RIDING HOOD
ELIMINATE HITLER
IMPERATIVE: COMPLETE MISSION WITHIN 24 HOURS
OUT

На уровне E2M8 существует гигантский скрытый за сдвигающейся стенкой лабиринт, состоящий из 181 почти идентичных комнат размером 2x2. В зависимости от выбора направления, игрок мог наткнуться на сокровища, дополнительную жизнь или Ганса Гросса, коих в лабиринте было двое. Всего лишь один путь вёл к знаку «Call Apogee and say Aardwolf» (с англ. «Позвони в Apogee и скажи Земляной волк»). Это задумывалось как конкурс с раздачей небольших призов, но практически сразу после релиза появилось множество редакторов игры, и конкурсу пришёл безвременный конец. Знак остался же как пасхальное яйцо. Позднее новый издатель Activision в 1997 году при переиздании игры заменил спрайт знака на тайл лежащих на полу костей.
В официальном FAQ Apogee упоминается также, что если игрок натыкался на этот знак в ходе игры (без применения чит-кодов), то это означало, что он безвозвратно заблудился в лабиринте, и ему придётся загружаться со старых сохранений.
Кроме этого конкурса, планировалось вести глобальную таблицу рекордов. После завершения каждого из эпизодов игрок получал код-аббревиатуру из трех заглавных букв (аналогичный, из четырёх, выдавался при попадании в локальную таблицу рекордов на пользовательской машине). Эти коды служили проверкой того, что игрок закончил уровень без жульничества. Эту идею пришлось оставить по той же причине, что и конкурс с поиском знака.

Wolfenstein 3D считается точкой отсчёта популярности шутеров от первого лица. Движок Wolfenstein 3D (часто в переработанном виде) использовали такие игры, как Blake Stone, Corridor 7, Operation Body Count, Super Noah's Ark 3D, Rise of the Triad, Shadowcaster и Hellraiser. Благодаря успеху игры, id Software стала модным разработчиком компьютерных игр. Образовались фанатские группы, которые пристально следили за работой компании, и когда вышел Doom, у него уже была благодарная аудитория. Doom вышел на иной технологический уровень по сравнению с Wolfenstein 3D: более разнообразные уровни, более детальная прорисовка персонажей и интерьеров, улучшенная анимация персонажей. Очередную революцию в жанре id совершила, выпустив Quake в 1996 году, первый шутер с полностью трёхмерной графикой.
Приквел к Wolfenstein 3D — Spear of Destiny — вышел сразу же после основной игры, и повествовал о попытке вернуть Копьё Судьбы Блазковицем из рук нацистов.
В 2001 вышла игра Return to Castle Wolfenstein (RtCW) на движке id Tech 3, в которой был применён тот же сеттинг, что и в Wolfenstein 3D, хотя, конечно, этот шутер был мало похож на оригинальную игру. В Wolfenstein: Enemy Territory добавили элементы тактического командного экшена и мультиплеерный режим для двух игроков.
В 2004 году id Software анонсировала выход новой игры Wolfenstein, которая основывается на сильно переделанном движке id Tech 4. Игра вышла в 2009 году.

Первые моды для игры Wolfenstein 3D появились ещё до публикации исходных кодов игры под лицензией GNU и создавались через редактор ресурсов игры и редактор уровней. Таким образом, первые моды включали изменение внешнего вида персонажей и объектов, а также новых карт, без принципиального изменения графического движка.
В дальнейшем после выхода игры Doom, был создан знаменитый культовый мод WolfenDoom, основанный на движке Doom и представляющий собой ремейк оригинального Wolfenstein на принципиально новом движке. В рамках этого мода появился также набор новых карт (включая и улучшенные старые карты оригинальной игры) использующий новые возможности графического движка. Популярность этого мода нашла своё отражение в появлении двух секретных уровней в игре Doom II содержащих персонажей Wolfenstein 3D. Причём один из этих секретных уровней является ремейком первого уровня первого эпизода Wolfenstein 3D, а второй — девятого уровня этого же эпизода. Позднее, когда с публикацией исходных кодов Doom появились OpenGL порты с улучшенной графикой, мод WolfenDoom был перенесён на движок DoomsDay, являющийся одним из наиболее впечатляющих OpenGL портов Doom, имеющим поддержку улучшенной графики, включая и новые модели и спецэффекты.
С выходом игры Quake II была начато создание мода Quake Generations («Quake Поколения»), содержащего ремейк не только Wolfenstein 3D, но и Doom I—II и Quake. Проект был закрыт из-за возникших проблем с лицензированием.
Публикация исходных кодов игры Wolfenstein 3D под лицензией GNU GPL, в отличие от публикации кодов Quake, первоначально не дала таких же впечатляющих результатов. Так как движок был очень старым, и требовалась радикальная переделка, требующая почти полного переписывания графической составляющей. Но, тем не менее, впоследствии вышло два OpenGL-порта NewWolf и WolfGL-3D (второй на основе первого) поддерживающих кардинальное улучшение графики, включая и поддержку 3D-моделей.
С выходом Doom III и появлением модов, содержащих ремейк Doom I и Doom II, было начато создание мода «Wolfenstein 3D on Doom III». Мод имеет графику последнего поколения, и соответственно поддерживает все новейшие спецэффекты, включая и новые 3D-модели.
25 марта 2009 года Джон Кармак портировал Wolfenstein 3D на iPhone.

* Один из уровней Wolfenstein 3D, просматриваемый в редакторе уровней, полностью состоит из свастик.
* Порт на Apple II — единственная версия игры, где немецкая речь записана носителями языка. Другие версии содержат немецкие фразы с неправильными артиклями и использованием прилагательных.
* Wolfenstein 3D — первая игра, где использовался шестиствольный пулемёт Гатлинга.
* Том Холл сначала не хотел работать над игрой. Он строил планы на счёт другого Commander Keen (намекая об этом в конце последнего), но Джон Кармак и остальные убедили Холла сделать игру, основанную на движке Catacomb 3D.
* Wolfenstein 3D, несмотря на почтенный возраст, успешно работает на современных машинах. Единственные сбои при этом состоят в замедлении полета фаербола босса «Гитлер-пугало» и проезжании блоком-«секретом» лишней клеточки на карте, причём всегда ровно одной. Причина последнего сбоя видна в исходном коде с первого взгляда любому грамотному программисту, однако же, Кармак (по его же официальной информации) отказался выпускать в своё время патч, сославшись на якобы «большую сложность при поиске причины сбоя», вероятно, не видя смысла в продолжении поддержки столь древней игры.
* В другой игре id Software — Doom 2, существует два секретных уровня (уровни 31 и 32), основанных на Е1М1 и Е1М9 из Wolfenstein 3D. Демоны встали на место собак, каждого солдата заменили на плотно стоящую группу синих СС-овцев, а вместо Ханса Гросса появился Кибердемон.
* Rise of the Triad изначально задумывалась как ремейк Wolfenstein 3D, но впоследствии из-за боязни потерять немецкий рынок сбыта сюжетная канва была переписана (впоследствии id Software решила ту же проблему с Return to Castle Wolfenstein более приемлемым способом, просто выпустив для этого сегмента отдельную версию). Однако некоторое оружие, внешний вид противников и некоторые элементы оформления весьма о нём напоминают, и, кроме этого, при разработке были созданы дополнительные уровни в стиле секретных уровней Doom 2 (базирующиеся также на Wolfenstein 3D), не вошедшие в игру.
* Христианская фирма-разработчик Wisdom Tree купила движок Wolfenstein для создания игры без насилия, названной Super Noah’s Ark 3D. Игра повествовала о Ное, вооружённом рогаткой, и пытающемся остановить взбесившихся в Ковчеге животных. Игра была также выпущена на Super Nintendo и DOS. Также ходят слухи, что id Software отдала Wisdom Tree код Wolfenstein 3D, потому что в Nintendo решили изменить порт для SNES так, чтобы сделать его менее жестоким, из-за чего он потерял свою популярность.
* Для особо ностальгирующих поклонников Return to Castle Wolfenstein содержит команду в консоли «cg_uselessnostalgia», после набора которой внизу экрана появлялся интерфейс Wolfenstein 3D, который, однако, не имел никакого отношения к непосредственному игровому процессу.

• Wolfenstein — каменное образование в Германии рядом с Тиршенройтом.
• Реальный Блазковиц воевал во время Второй мировой войны в ранге генерала на стороне вермахта.
• Непривычные белые мундиры офицеров и некоторых боссов реально существовали — это парадная летняя форма офицеров СС и СД.
• Пистолет стреляющий ракетами, которым вооружены некоторые боссы — Kampfpistole
• Один из боссов — доктор Шаббс, имеет портретное сходство с доктором Августом Хиртом.
• Hänsel und Gretel (боссы Ганс и Гретель Гроссе) — персонажи сказки братьев Гримм про пряничный домик.
• Копьё Судьбы, фигурирующее в «Spear of Destiny», приписываемое римскому легионеру Лонгину («Копьё Лонгина», Lancea Longini), который по легенде проткнул этим копьём подреберье распятого Христа, находится в одном из музеев Вены.
* В связи с использованием нацистской символики и музыки «Песни Хорста Весселя», версии для PC и Atari были запрещены к продаже в Германии в 1994.
Поэтому версия для Super NES не содержала ни свастик, ни других нацистских символов; более того, сторожевые псы были заменены гигантскими крысами, а кровь превратилась в испарину, что сделало игру менее жестокой. Были добавлены также три новых вида оружия и система подсчёта очков. Тем не менее, версия для Super NES не пользовалась той популярностью, что сопутствовала PC-версии. Многие посчитали, что из-за этого Wolfenstein 3D потеряла всё своё очарование.